El Arga nace en los montes de Quinto Real, dónde está regulado por el pantano de Eugui, que con una capacidad de 21 Hm3 constituye el principal reservorio de agua potable para la Mancomunidad de Aguas de la Comarca de Pamplona. En Huarte presenta un caudal medio anual de 7,18 m3/seg. Justo a la entrada de la Cuenca recibe al río Ulzama procedente de los montes de Ulzama-Velate, que con un caudal medio anual de 8,48 m3/seg hace que se duplique el original.
Al entrar en la Cuenca, el río adquiere un recorrido meandriforme, recibiendo sucesivamente al Elorz, Juslapeña y sobre todo al Araquil. En Pamplona la vega presenta una anchura de 500 a 1500 metros y su régimen hidrológico, manifiesta crecidas espectaculares, que pueden afectar a una amplia extensión de terreno.
Como consecuencia de todas estas características, el Arga debería considerarse como un río de gran dinamismo, con fenómenos de erosión en la cara externa de los meandros y ripas, sedimentación y formación de depósitos en la cara interna de los mismos, así como tendencia natural a cambiar el trazado en la llanura aluvial. Este dinamismo natural se encuentra muy alterado y casi totalmente eliminado por la presencia de numerosas infraestructuras, construcciones (edificaciones, presas, defensas, puentes, etc…) y aprovechamientos (huertas, clubes deportivos, equipamientos, etc…), por lo que se puede considerar que su curso está fijado.
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